Selon l’observatoire régional de l’agriculture biologique de Bourgogne, 72 nouveaux agriculteurs bio se sont installés dans toutes les filières en Bourgogne au cours de l’année 2012. Fin 2012 la région comptait 884 fermes bio soit 4,35% des exploitations bourguignones et 44977 hectares de SAU (surface agricole utile) bio , dont 5506 en conversion. La Bourgogne se situe ainsi au 9ème rang français des régions bio.
En 2012 la viticulture bio était la filière la plus importante avec une surface cultivée de 14 % soit 8% du vignoble bourguignon. En Côte d’Or la surface bio cultivée n’a pas évolué, en revanche le nombre de fermes bio a augmenté de 4% pour atteindre 298 fermes.Dans la Nièvre la surface bio a augmenté de 5% et le nombre de fermes bio (136 fin 2012) de 11% . En Saône et Loire a surface bio a augmenté de 1% et le nombre de fermes bio de 2% (212 fin 2012). Dans l’Yonne les surfaces bio ont augmenté de 14% et le nombre de fermes bio de 6 % (238 fermes fin 2012).